它渊源于西域土著民族文化，又深受伊斯兰文化的影响。根据传说，叶尔羌汗国的拉失德汗与妻子阿曼尼莎汗邀集汗国各地熟悉木卡姆的民间艺人，在音乐家喀迪尔汗.叶尔羌的主持下，对当时散失的木卡姆进行了一次系统的加工和整理，使木卡姆得以定性和发展。 
　　“木卡姆”，为阿拉伯语，意为规范、聚会等意，这里转意为大曲，是穆斯林诸民族的一种音乐形式，十二木卡姆就是十二套大曲，这十二套大曲分别是：拉克、且比亚特、木夏吾莱克、恰尔尕、潘吉尕、乌孜哈勒、艾且、乌夏克、巴雅提、纳瓦、斯尕、依拉克等木卡姆。维吾尔十二木卡姆的每一个木卡姆均分为大乃额曼、达斯坦和麦西热甫三大部分；每一个部分又有四个主旋律和若干变奏曲组成。其中每一首乐曲既是木卡姆主旋律的有机组成部分，同时，又是具有和声特色的独立乐曲，为木卡姆伴奏的乐器有沙塔尔、弹拨尔、热瓦甫、手鼓、独他尔等。
　　 十二木卡姆的源流，从时代和地域因素上讲，一是由古代流传下来的传统音乐的基础上发展成的套曲和歌曲；二是地方音乐，即库车、喀什、吐鲁番、哈密和和田音乐以及刀郎音乐。这种时代和地域因素相互交织渗透，浑然一体。十二木卡姆还有一些地域性变体，其中比较有名且具一定特色的当属刀郎木卡姆和哈密木卡姆。
　　十二木卡姆又是古典诗歌的音乐表达形式，十二木卡姆的歌词主要归功于察合台时期著名的诗人鲁特菲、纳瓦依、诺毕提、麦西热甫、依瓦依答、傅祖勒等人，自从阿曼尼莎汗将纳瓦依、傅祖勒等诗人的许多诗词填入木卡姆曲调，后继的木卡姆音乐家就不断地用纳瓦依、孜莱丽、麦西热甫等著名诗人的珍贵诗词来丰富十二木卡姆：如《热克木卡姆散序》唱的是纳瓦依的一首富有哲理性的政治抒情诗：
爱的秘密，问那些离散两绝望的情人；享受的技巧，问那些掌握着幸运的人。爱情不贞，就是命运对我们的注定；欺骗和背信，问那些缺乏慈爱的人。时间的辛劳使我们消瘦又苍老；美丽的力量，问那些拥有青春的男女。孤独的滋味，富贵有权的人不懂；穷困的苦楚，流浪者了解得最深。弱者的处境——爱侣们只有等待死亡来临，谁能下死亡的判决，是那残横的暴君。被猜忌的爱侣们所感受的滋味，好人不会知道，要请教我这样的坏人。朋友们！纳瓦依生活在爱的戈壁里，要知道他，去问那里来的旅群。
　　“十二木卡姆”中的达斯坦部分的唱词，则是由民间叙事诗组成的，其中包括《艾里甫与赛乃木》、《赛诺拜尔》、《迪拉热姆》、《巴巴·茹仙》等民间叙事中的代表性片断。
　　建国以来，政府先后进行过两次木卡姆整理、录音，从而使文化宝库中的这颗无价之宝日臻完美，光彩照人。在整理《维吾尔十二木卡姆》中，仍以著名木卡姆大师吐尔迪阿洪留下的木卡姆乐曲和歌词为主，同时，补充了部分木卡姆乐曲。对十二木卡姆的歌词，删去了一些重复和不合音乐节拍的歌词，补充了部分在维吾尔古典文学中占有特殊地位的著名诗人的经典力作。 吐尔迪阿洪演唱的十二木卡姆共计245首乐曲和2482行歌词。在整理补充中，审定收录乐曲320首，歌词2990行，如果连续演唱，需要24个小时才能唱完。